El programa educativo de Especialidad en Periodoncia, fue aprobado para creación en el año 2004 por el Consejo Universitario e inició actividades en la ciudad de Tijuana durante el mes de Febrero del año 2023, con el objetivo de atender la demanda de la necesidad de atención periodontal en la sociedad Tijuanense que acude a recibir atención a las clínicas odontológicas de la Universidad Autónoma de Baja California, Facultad de Odontologia Tijuana.
Es un programa que tiene una duración de 4 semestres (2 años), de carácter tiempo completo. Se rige bajo las reglas de conducta y estatutos de la Universidad Autónoma de Baja California lo que asegura su funcionamiento y compromiso con la calidad.
El programa se encuentra reconocido en el Padrón nacional de posgrados de calidad por Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONAHCYT) y la Secretaria de Educación Pública (SEP), además reconocido por el Consejo Mexicano de Periodoncia, el cual es un organismo legal y autónomo que reconoce la calidad de posgrados de periodoncia en el territorio nacional mexicano de acuerdo con los criterios esenciales para evaluar planes y programas de estudio de la especialidad en periodoncia establecidos por la Secretaria de Salud, Secretaria de Educación Pública y la Comisión Interinstitucional para la Formación de Recursos Humanos para la Salud.